Tag Archives: R

用R进行芯片数据的主成份分析和聚类分析（课程作业备份）

August 30, 2009 – 1:55 AM

很久以前的作业了，自己都看不懂了，传上来有需要的人自己研究一下吧。
我们的课程主页：http://www.stat.psu.edu/~chiaro/BioinfoII_08/
主成份分析 Principal Components Analysis
课堂讲义 作...

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Linux下保存R图像

May 22, 2008 – 12:25 PM

Linux下在命令行运行R，调用画图的各种函数(如plot())后，打开的窗口没有保存选项。而windows下就可以。
于是以前很土鳖的一直用Acquire Screen shot来截取图像。。
今天发现Linux下可以很...

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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(六)：差异表达基因

May 9, 2008 – 4:19 AM

经过一系列的预处理，包括缺失值填充，中位数计算以及归一化，我们的数据终于可以用啦。。
下面我们就来分析一下new population和old population的个体是否有差异表达基因。
判断一...

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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五)：芯片间归一化

May 5, 2008 – 3:58 AM

上次进行了芯片内的归一化，但是我们的数据来自于10张芯片，为了让这10张芯片之间有可比性，需要进行芯片间归一化。
由于我比较懒，具体原理就不介绍了。
这里用到Bioconductor...

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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(四)：芯片内归一化

May 5, 2008 – 2:04 AM

归一化是从normalization翻译过来的，google了半天，还是不知道是否恰当。归一化的目的是使各次/组测量或各种实验条件下的测量可以相互比较，消除测量间的非实验差异。非实验差异可能来源...

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