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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(六)：差异表达基因

May 9, 2008 – 4:19 AM

经过一系列的预处理，包括缺失值填充，中位数计算以及归一化，我们的数据终于可以用啦。。
下面我们就来分析一下new population和old population的个体是否有差异表达基因。
判断一...

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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五)：芯片间归一化

May 5, 2008 – 3:58 AM

上次进行了芯片内的归一化，但是我们的数据来自于10张芯片，为了让这10张芯片之间有可比性，需要进行芯片间归一化。
由于我比较懒，具体原理就不介绍了。
这里用到Bioconductor...

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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(四)：芯片内归一化

May 5, 2008 – 2:04 AM

归一化是从normalization翻译过来的，google了半天，还是不知道是否恰当。归一化的目的是使各次/组测量或各种实验条件下的测量可以相互比较，消除测量间的非实验差异。非实验差异可能来源...

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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(三)：计算median

May 3, 2008 – 12:52 AM

我们已经知道要分析的数据对每个基因有3个重复测定值，经过缺失值填充后，每个基因都有3个可用值。
这一步很简单，就是取这3个值的中位数，即median。
方法很多，在excel中可以...

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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(二)：缺失值填充

May 2, 2008 – 2:49 AM

以下分析用到的数据可以在这里下载，这个数据来自关于基因对蝴蝶迁移性的研究，样本是20个蝴蝶个体，其中10个是当地固有个体(old)，另外10个是新迁入的个体(new)，old和new个体两两随机配...

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