Tag Archives: bioinformatics

Python统计DNA序列中长度为n的子序列频率

February 19, 2010 – 5:07 PM

ms是我师弟的rotation project：
给定一堆DNA序列，即由字符A, C, G, T组成的字符串，统计所有长度为n的子序列出现的频率。
比如 ACGTACGT，子序列长度为2，于是 AC=2, CG=2, GT=2, TA=1，其余长...

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推荐个生物信息学问答社区

October 2, 2009 – 4:41 PM

欢迎大家来围观我们学校新建的生物信息学问答社区:

BioStar is “A place to ask questions about bioinformatics and life science related data analysis.”
刚建了两天，所以上面的问题很少，希望大家多...

By azalea | Posted in internet, programming, study | Also tagged | Comments (2)

用R进行芯片数据的主成份分析和聚类分析（课程作业备份）

August 30, 2009 – 1:55 AM

很久以前的作业了，自己都看不懂了，传上来有需要的人自己研究一下吧。
我们的课程主页：http://www.stat.psu.edu/~chiaro/BioinfoII_08/
主成份分析 Principal Components Analysis
课堂讲义 作...

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W老教授语录

August 25, 2009 – 2:30 AM

W是我朋友Q mm 和 G mm的导师，之前不多的接触主要是上他讲的生物信息学课，凡是有人上课问他问题，他就回一句：What do you think? 然后全班静默一分钟，然后move on。
感谢昨天Q和G的爆料...

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python: find repeat masked intervals in fasta files

August 10, 2009 – 6:36 PM

通常fasta文件用N来表示重复序列（用小写的atgc也很常见），下面的代码就是找出fasta文件中用N标记的区域。
首先导入biopython包，然后用SeqIO.to_dict()函数把fasta文件的记录转换成python字典...

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