>>> crazystring = ‘dade142.;!0142f[.,]ad’
只保留数字
>>> filter(str.isdigit, crazystring)
‘1420142′
只保留字母
>>> filter(str.isalpha, crazystring)
‘dadefad’
只保留字母和数字
>>> filter(str.isalnum, crazystring)
‘dade1420142fad’
如果想保留数字0-9和小数点’.’ 则需要自定义函数
>>> filter(lambda ch: ch in ‘0123456789.’, crazystring)
‘142.0142.’
或者使用正则表达式或循环
很久以前的作业了，自己都看不懂了，传上来有需要的人自己研究一下吧。
我们的课程主页：http://www.stat.psu.edu/~chiaro/BioinfoII_08/
主成份分析 Principal Components Analysis
课堂讲义 作业题目 数据 我们自己的答案 （作业成绩是A，不过正误请自辩）
聚类分析 Clustering
最近ResearchBlogging开通了中文频道，在管理员Andrew的大力帮助下，总算通过了我的申请，于是写个处女作。不了解RB的请移步伊的中文官方博客。
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很久以前的生物课上学过，真核生物的RNA聚合酶有3种：
Pol I 转录DNA产生核糖体RNA
Pol II 产生mRNA
Pol III 产生tRNA
2005年，数个研究小组同时发现，在植物里还存在另外两种RNA聚合酶，Pol IV 和 Pol V。
Pol IV 和 Pol V 和 Pol II 在结构上有很多相似之处，但是他们的作用不是把 DNA 转录成 RNA 进而从事细胞内的生命活动（比如合成蛋白质，组成核糖体等），而是引起染色质的甲基化从而进行基因沉默。前人已经发现 Pol IV 是真正的RNA聚合酶，它转录产生一种称做siRNA的小分子RNA。而 Pol V 的作用一直是个谜，它只是长的像RNA聚合酶，还是真正能转录DNA形成RNA呢？ 如果它真的能转录产生RNA，它的目的又是什么呢？
Wierzbicki 等人2008年发表在 Cell 杂志上的文章发现了 Pol V 转录后产生的 RNA，因此证实了 Pol V 确实是RNA聚合酶。他们提出了3个Pol IV 和 Pol V导致基因沉默的模型，下图是他们认为最可能的：
首先，Pol IV把DNA转录成很长的RNA（单链的），再由 RDR2 (以RNA为模板的RNA聚合酶）变成双链RNA，再被切成小分子的siRNA，然后结合到AGO4蛋白上。与此同时，Pol V 也把同个位置的DNA转录成RNA，然后AGO4-siRNA复合体就和Pol V 转录产物结合，指引其他染色质修饰蛋白结合到染色质上，把染色质甲基化，而甲基化带来了基因的沉默。
这里要澄清的一点是，通常 Pol IV 和 Pol V 转录的区域并不是基因（传统意义上的，表达蛋白质的）密集的区域，而是重复序列和转座子等。这些序列的表达对细胞通常没啥好处，于是生物有不同的机制来沉默这些序列。植物就通过 Pol IV 转录加工产物和 Pol V 转录加工产物的结合来指引能甲基化染色质的蛋白质们来灭了这些有害序列。
于是产生了一个有趣的悖论，Pol V 转录 DNA 是为了使这段 DNA 不再被转录。
WIERZBICKI, A., HAAG, J., & PIKAARD, C. (2008). Noncoding Transcription by RNA Polymerase Pol IVb/Pol V Mediates Transcriptional Silencing of Overlapping and Adjacent Genes Cell, 135 (4), 635-648 DOI: 10.1016/j.cell.2008.09.035
W是我朋友Q mm 和 G mm的导师，之前不多的接触主要是上他讲的生物信息学课，凡是有人上课问他问题，他就回一句：What do you think? 然后全班静默一分钟，然后move on。
感谢昨天Q和G的爆料，让我印象中的有些古怪的W，变成一超级可爱的老头子。
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Q一天到lab发现电脑启动不了了，到W办公室里向W汇报后W说: “You broke your computer? ” Q郁郁而去。一会W从办公室出来，看到Q的电脑，严肃地说: “You broke your computer AGAIN ?? “Q于是怒了，说不就是我电脑挂了么，至于说这么多次么？吓得W赶紧逃了。后来Q才意识到W在开玩笑。。
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Q一天在lab过道拐角撞到W，W说了句：“Woman driver.”后翩然而去，Q语塞当地。
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一天W和Q的师兄在她身后讨论她也参与的一个project，但是没叫她一起讨论。等他们讨论完，W问Q，你听见了么？ Q想了半天，是说听见还是没听见啊？听见了就是偷听，没听见也太假啦，于是说: ” A little. ”
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周六Q在lab刻苦工作，W来了，说刚才看见楼下lab也有学生在加班做实验，然后说你们学生怎么能这样push我们老板呢？
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Q怕W在office工作时进去问问题打扰他工作，于是每次等到他一离开office，就追上去问问题。后来谈到文化差异，W问Q，是不是东方的女人喜欢跟在男人后面的？
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G要做TA，于是向W请示。W说，如果你系里说你合格的话，我就让你做。于是G跑去系里小秘那里问，我合格么？小秘说，当然。于是G发email和W说，我已经去系里问了，他们说我合格。W就呆住，心说我就是开个玩笑，你还真去问啊。
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凄风冷雨的早晨，G在lab工作，W来了，惊讶的说：”你不是应该在温暖的家里睡觉么”，G语塞。
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G刚到lab，拿了张20刀的钞票放桌上还没来及收，W看到说，是给我的么？G再次语塞。
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寒冬，G穿着防寒服到lab，坐下还没来及脱，W看见问：“你很怕冷么？” G于是赶紧要脱，W就说: “Don’t make yourself uncomfortable.” 于是W只好一直穿着防寒服。。。
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一次全楼层的集体会，G早到了5分钟，只看见W和自己的另一个导师R在等，不知道说啥好，于是转身要走。 R问W，where is G ? W说，she is hiding. 于是G只好转身又向他们走过去。
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暂时记得这么多，有不尽不实之处请Q和G补充更正。
刚才看了Star Trek，于是幻想星际旅行，人类遇到一种智慧生物NE，发展速度比人类快100倍，自然历史就很短，只有人类的 1/100. （关于两个星球上复杂的时间转换这里就不考虑了）
然后人类就鄙视他们，说看我们人类，智慧发展的历史多悠久啊，金字塔，兵马俑，你们都没。然后NE就哦了一下。人类看他们也没愤怒也没嫉妒，毫无表情，十分奇怪，终于发现他们根本就没有感情。
NE的发展完全由这个目的驱动：种族在环境限制下能最大限度的繁衍。于是他们一出生就学习各种知识，学习自我评估，确定当前最适合自己的才能并最有利于社会发展的职业，然后义无反顾的干下去，因为他们没有厌恶，没有动摇，所以他们在身体允许的最大限度工作，直到发现更适合自己的方向为止。如果他们自我评估发现自己的存在已经对社会需求大于贡献（比如得了绝症），就去自杀，反正他们的亲人只有理智没有情感，绝不会阻止他们。
这样每个NE都最大限度的为社会发展做贡献，而且他们没有贪婪，没有对权力的渴求，所以也不会有焚书坑儒或者自相残杀，所以NE的社会一直在发展，不会停滞，更不会倒退，自然，发展速度比人类高许多倍。
这么看来NE很像有智慧的机器人，虽然我们对智慧的定义很模糊。我的问题就是，智慧一定要依赖于情感么？没有情感的话，生物能不能进化成智慧生物？ 可能人工智能领域已经对此有深入的探讨，有了解的xdjm请多多指教。
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